在催芽过程中，常常出现哑谷过多、种子发涎、烧芽或芽根不齐等现象，这多为管理不善引起的。只要找准原因，及时采取合理补救措施，可减少损失，夯实培育壮秧之基础。
一、哑谷多 主要是由于浸种时间不足、种子吸水不够，或浸种时间过长、胚芽泡死；破胸时温度低、翻拌不均匀致使破胸不齐，或种子高温时未及时浇水降温而烧芽等问题导致的。因此，精选谷种，充分浸种，适温（36~38℃）催芽，是解决这一问题的关键措施。
二、发涎和酒精中毒 催芽时谷堆水分过多，温度不够，时间过长，造成氧气不足，种子进行无氧呼吸产生酒精中毒；同时谷壳起涎沾手，严重时生霉变质。因此，催芽时应注意保温，防止淋水过多。已经产生沾涎或有酒糟味的稻种，要及时用30℃左右干净清水反复淘洗干净，然后直接撒播秧亩田进行露地育秧。
三、高温烧芽 主要是由于破胸高峰期，谷堆温度过高、通气不良，谷种产生无氧呼吸而造成。因此在催芽中，必须常查谷堆温度，及时翻堆透气。如谷种产生轻微酒糟味，可用温水清洗后继续催芽。
四、根芽不齐 在催芽过程中，常常出现“有根无芽”或“有芽无根”的现象，这主要是没有掌握好水、温、气所致。只要遵循“干长根，湿长芽”和“冷长根，热长芽”的规律，调控好水分、温度的关系，勤翻堆（倒盘），就可有效解决根芽不齐的现象。
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